PokemonStyleにポケトレ色乱数についていろいろあったらしいが、
スレが流れたので2chに転載されてたのとかを適当にまとめてみた。

●揺れ位置決定
外側から乱数1つずつ使って決定、消費数4
初期、連鎖時どちらも同じ
揺れない場所が選択されたときはその場所の揺れ種類決定操作をスキップする模様
外から
r/0x800
r/0xAAB
r/0x1000
r/0x2000
位置は下の通り
 
0 1 2 3 4 5 6 7 8
18 19
20 21
22 23
24 25
26 27
28 29
30 31
9 10 11 12 13 14 15 16 17

0 1 2 3 4 5 6
14 15
16 17
18 19
20 21
22 23
7 8 9 10 11 12 13

0 1 2 3 4
10 11
12 13
14 15
5 6 7 8 9

0 1 2
6 7
3 4

●揺れの種類決定
外側から決定 
まずr/0x290<基準値(外から88,68,48,28)なら揺れ小
そうでなければ再度r/0x290>=50なら揺れ大、そうでなければ揺れ小
消費数(1-2)×揺れる草の数
4つとも揺れる場合は4-8 
光る草の判定はないので初回時はポケトレ色は出ない
以上からポケトレ使用による消費数は8-12である
某所で消費数9となっているのは特定の場合のみであるので間違えないように 

●乱数消費
移動とか冒険ノートとかで消費

●出現個体の決定
通常と同じ
小さい揺れと大きい揺れで出現ポケモンが違う
小さい揺れと大きい揺れ共通で大量発生ポケモンはスロット0~11のうち0、1に入る
大きい揺れ限定でポケトレ限定種がスロット0~11のうち4、5、10、11に入る 
性格値が目的のに合うまで->性格値で消費2、個体値で消費2、所持アイテムで消費1
その後の4つの乱数で上記と同様に再度揺れ位置決定

●戦闘処理
少なくとも1消費
場合によって複数消費されるらしい
DPtでもそうなのかは不明だが参考→http://blog.livedoor.jp/ktxad/archives/1217411.html
自分でやったときはプラチナでは1が、ダイヤでは5が良く出ていた
パールでも5が出たという報告あり
どうやらプラチナは1、ダイパは5で良さげ
 
●揺れの種類決定(連鎖1以上)
外から順に行われる
揺れない場所についてはスキップされる模様
消費数2×揺れる草の数
a.連鎖確定判定
 r/0x290<基準値(初動時と同じ、捕獲ボーナス+10)なら連鎖確定揺れになる
b-1.光る揺れの判定(aを満たす場合)
 r<色判定値なら光る草になる
 それ以外は前回に入った草と同じ揺れ
 1連鎖目では色判定値は9、すなわち8以下なら色が決定する
 光る揺れになる条件は連鎖数nに対してr<0xffff/(0x2008-(n×0xc8))+1の模様
b-2.揺れの種類決定(aを満たさない場合)
 r/0x290<50なら小さい揺れ、そうでなければ大きい揺れ
 捕獲ボーナスとかについては不明

●乱数消費
移動とか冒険ノートとかで消費

●出現個体の決定
a.光る草むらに入った場合
 1.シンクロなし
  乱数2つで基礎性格値を決定
  書き換え処理用に乱数13個
  個体値決定用に乱数2つ
  詳しくは後で 
 2.シンクロあり
  シンクロの成否決定->失敗なら上
  基礎性格値決定から書き換え処理用までの乱数15個を使ってシンクロ性格値が出るまで繰り返す
  シンクロ性格値が出た後に通常と同様個体値決定用に乱数2つ消費
b.それ以外
 1.連鎖揺れ
  出現ポケモンが決定した状態から通常と同様に決まる模様
 2.それ以外 
  出現ポケモン決定から通常と同様に決まる模様 

●詳しいポケトレ色個体決定方法
乱数2つで基礎性格値を決定
 基礎性格値を下位16ビット、上位16ビットの順に決定
書き換え処理用に乱数13個
 下位から1ビットずつ乱数最下位ビット13個を並べる
 MaskIDとでも呼んでおく
性格値決定
 上記の3つ及び表裏IDを使って以下のように計算
 性格値下位16ビット:MaskID<<3+基礎性格値下位の下位3ビット
 性格値上位16ビット:(表ID>>3 xor 裏ID>>3 xor MaskID)<<3+基礎性格値上位の下位3ビット

以上のような決定方法のため、IDによって特定の個体値となる性格は変えられるが、
性別値及び特性はIDによらない。